Para o cumprimento das suas atribuições, compete ao INS:

• Coordenar e superintender a definição da agenda nacional de pesquisa em Saúde e a aplicação da mesma em todo o território nacional;
• Promover e coordenar actividades de desenvolvimento nacional da pesquisa em Saúde, em particular através do fortalecimento institucional, da capacitação científica dos técnicos nacionais e da monitoria do ambiente de pesquisa no Sistema de Saúde;
• Desenvolver e realizar investigação clínica, biomédica, farmacológica, epidemiológica e sócio-antropológica, com base nas prioridades nacionais;
• Desenvolver e garantir a investigação multissectorial e transdisciplinar, através das instituições de investigação afins e outros órgãos de reconhecida competência técnica;
• Promover o financiamento de actividades de investigação científica;
• Avaliar a situação de saúde e seus determinantes;
• Desenvolver e avaliar tecnologias aplicadas à prevenção e controlo de doenças;
• Contribuir para o diagnóstico laboratorial face aos surtos epidémicos;
• Realizar o controlo de qualidade das análises laboratoriais, através de um sistema de referência laboratorial;
• Garantir os aspectos de biossegurança afins ao funcionamento dos laboratórios de referência;
• Realizar cursos de pós-graduação e de formação contínua para o pessoal de Saúde em coordenação com os Ministérios que superintendem as áreas de Ensino e Ensino Superior;
• Colaborar com instituições de Ensino na formação de pessoal em carreiras de Saúde, nos níveis médio e superior, em coordenação com o Ministério que superintende a área de Ensino;
• Cooperar com instituições científicas nacionais e estrangeiras e agências internacionais de apoio ao desenvolvimento, de modo a promover a transferência de tecnologia, a formação e o treino de pesquisadores e técnicos nacionais;
• Promover acções de divulgação técnico-científica inerentes à saúde pública.