A história do Instituto Nacional de Saúde (INS) começa em 1955, com a fundação do então Instituto de Investigação Médica de Moçambique (IIMM). No entanto, devido à conjuntura económica, social e política da época (1970), esta entidade passou a designar-se Instituto Provincial de Saúde Pública (IPSP), uma mudança que permitiu adequar o então IIMM à nova realidade da outrora colónia de Moçambique.
De forma a garantir a unidade e coerência da reestruturação dos serviços centrais do então Ministério da Saúde e Assuntos Sociais, o Governo de Transição (moçambicano) decretou a mudança da designação do IPSP para o Instituto Nacional de Saúde Pública (INSP), considerado órgão central deste ministério.
Contudo, com o advento da independência nacional, em Agosto de 1975 o INSP passa a designar-se Instituto Nacional de Saúde (INS), uma instituição constituída essencialmente pelos laboratórios de Malária e Parasitologia e integrada na Direcção Nacional de Medicina Preventiva (DNMP) do Ministério da Saúde (MISAU). Nesta época, a missão do INS era basicamente a manutenção dos laboratórios retromencionados, que constituíam o núcleo de investigação de doenças endémicas em Moçambique.
Com o passar do tempo, concretamente em 1980, o INS deixa de fazer parte da DNMP do MISAU e passa a responder directamente ao Ministro da Saúde. Com esta transição, o INS assumiu a responsabilidade de suportar diferentes programas do MISAU, bem como formar quadros para o alcance dos seus objcetivos. Neste período (anos 80 e princípio de 90), embora o foco das suas actividades fosse a malária, o INS notabilizou-se em estudos sobre a Hepatite B e o diagnóstico dos primeiros casos de HIV no país.
Ainda nos anos 90, o INS passa por uma série de reformas, que culminaram com a criação de um órgão colegial de assessoria técnico-científica à Direcção do INS, assim como o início da fundação de unidades e centros de investigação em saúde.
Assim, em virtude da reestruturação iniciada nos anos anteriores, na década de 2000 (2004), o INS torna-se uma instituição subordinada ao Ministério da Saúde, com a aprovação do seu primeiro Estatuto Orgânico. Neste período, dentre várias atribuições, o INS tinha a função de coordenar a elaboração e adopção da Agenda Nacional de Pesquisa, bem como realizar investigação em saúde para solucionar os problemas de Saúde Pública em Moçambique.
Na década de 2010, o INS assume a missão de produzir evidências para apoiar na formulação das políticas de saúde em Moçambique, através da aprovação do primeiro Plano Estratégico (2010-2014). Neste período, iniciou-se o processo de reestruturação do organograma funcional da instituição, passando de uma estrutura de funcionamento vertical clássica para uma estrutura matricial, bem como a construção do edifício-sede próprio (2014) de forma a impulsionar a definição do seu papel e estrutura.
É nesta senda que em 2018, o INS torna-se, através da aprovação do novo Estatuto Orgânico, numa entidade de gestão, regulamentação e fiscalização das actividades de geração de evidência científica em saúde para a garantia de uma melhor saúde e bem-estar, dotada de personalidade jurídica, com autonomias administrativa e técnico-científica. Com a aprovação deste dispositivo, o INS deixa de ser subordinada e passa a ser tutelada pelo Ministro que superintende a área da Saúde, tendo iniciado com o processo de intensificação da coordanção da pesquisa a nível nacional, com a criação, recentemente, das Delegações provinciais da Cidade de Maputo, Províncias de Sofala e Nampula.
O INS já foi dirigido por vários individualidades da área da saúde em Moçambique, nomeadamente:
- 1977 – 1983: Dr. Jorge Cabral
- 1983 – 1989: Dr. João Schwalbach
- 1989 – 1992: Dr. Jorge Barreto
- 1992 – 1997: Dr. Rui Gama Vaz
- 1997 – 2000: Dr. Martinho Dgedge
- 2000 – 2001: Dra. Adelaide Bela Agostinho
- 2001 – 2009: Dr. João Fumane
- 2009 – 2022: Dr. Ilesh Jani
- 2023 à actualidade: Dr. Eduardo Samo Gudo Jr.