Para o cumprimento da sua missão, o INS assume os seguintes valores e directrizes institucionais:

• Excelência em todas as actividades que realiza;
• Transparência como compromisso com a aparente prestação de contas à sociedade sobre o seu desempenho institucional;
• Redução de iniquidades regionais e de grupos vulneráveis. Os estudos, investigações e serviços do INS deverão ter como valor permanente a contribuição para reduzir iniquidades no país;
• Ética na investigação que envolva directa ou indirectamente seres humanos ou uso de animais na experimentação;
• Solidariedade interna e com instituições congéneres, particularmente aquelas de regiões ou países com menor desenvolvimento científico, económico e social;
• Integridade e focalidade de objectivos, propostas e acções entre diversas unidades e subunidades do INS, direccionadas ao conhecimento e solução de problemas e situações prioritárias de saúde;
• Auto-avaliação contínua do desempenho individual, colectivo e institucional, como mecanismo de aprendizagem, ajuste e melhoria permanente: promoção da gestão participativa da capacidade de inovação, indispensável para o desenvolvimento social sustentável de um país.