1. São funções da Repartição de Bacteriologia e Micologia:
- Garantir a testagem laboratorial de referência para a vigilância, pesquisa e necessidades dos programas de controlo e prevenção de doenças para as áreas de bacteriologia e micologia;
- Participar em actividades de treino, assistência técnica, avaliação externa de qualidade e transferência de tecnologias para a rede de laboratórios;
- Implementar o sistema de gestão de qualidade e biossegurança;
- Avaliar tecnologias atinentes à sua área de actuação;
- Realizar outras actividades que lhe sejam superiormente determinada.
2. A Repartição de Bacteriologia e Micologia é dirigida por um Chefe de Repartição Central.