O Laboratório de Parasitologia Molecular dedica-se ao diagnóstico e estudo de parasitoses sanguíneas, intestinais e vesicais. Serve-se de um laboratório de referência da malária. Realiza também actividades de vigilância e diagnóstico especializado para malária.
O laboratório possui capacidade para o diagnóstico parasitológico baseado em microscopia, serologia e em técnicas de biologia molecular. E actualmente implementa o programa de avaliação externa de qualidade da malária que inclui o fornecimento de painéis de proficiência em serologia (TDR) e microscopia da malária, com uma variante de reobservação cega.
Associado a este programa, o laboratório oferece treinos para diagnóstico de parasitoses (ex: malária, filaríase linfática, tripanossomíase, schistossomiase).