São funções do Gabinete de Auditoria e Controlo Interno:
- Elaborar manual e procedimentos de auditoria interna;
- Verificar as actas dos órgãos conforme a lei, estatutos e demais normas aplicáveis;
- Acompanhar a execução dos planos de actividades anuais e plurianuais e demais programas com impacto financeiro;
- Examinar periodicamente a contabilidade e a execução dos orçamentos;
- Verificar o balanço e o relatório a apresentar anualmente ao Conselho de Direcção e emitir parecer sobre os mesmos;
- Pronunciar-se sobre o desempenho financeiro, a economicidade e a eficiência da gestão e a realização dos resultados e benefícios;
- Auditar todas as áreas de intervenção do INS e emitir os respectivos relatórios, com a indicação dos factos, causas, e recomendações de acções para a correcção;
- Prestar assistência técnica aos sectores na execução das suas actividades, proporcionando-lhes análises objectivas, avaliações, recomendações e pertinentes às actividades examinadas;
- Assegurar a observância e cumprimento dos procedimentos instituídos no INS;
- Verificar a execução das operações financeiras, a elaboração dos relatórios financeiros e o cumprimento da legislação pertinente;
- Acompanhar e controlar, com regularidade, o cumprimento das Leis e Decretos aplicáveis à execução orçamental, a situação económica, financeira e patrimonial do INS;
- Apoiar na identificação, análise e avaliação do sistema de controlo interno;
- Cooperar com auditorias e inspecções externas, facultando informação que se julgar pertinente; e
- Realizar outras actividades que lhe sejam superiormente determinadas nos termos da legislação aplicável.
O Gabinete de Auditoria e Controlo Interno é dirigido por um Chefe de Gabinete de Instituto Público, nomeado pelo Ministro que superintende a área da Saúde sob proposta do Director-Geral do INS.