O INS tem os seguintes órgãos:
- O Conselho de Direcção é o órgão de consultivo e de gestão do INS;
- O Conselho Consultivo é o órgão de consulta e de coordenação do INS;
- O Conselho Técnico-Científico é o órgão multissectorial de consulta da Direcção-Geral do INS;
- O Comité Institucional Científico é um órgão de assessoria à Direcção-Geral do INS, no que concerne ao desenvolvimento técnico-científico da instituição;
- O Comité Institucional de Ética é um órgão técnico que vela pelos aspectos éticos nas actividades técnico-científicas do INS;
- O Comité Institucional de Biossegurança é um órgão técnico que vela pelos aspectos de biossegurança nas actividades técnico-científicas do INS